Sovyet yönetimi, Karaçay-Malkar Türklerini tamamen yok edemeyince 1943 ve 1944 yıllarında bu toplulukları Orta Asya ve Sibirya'ya sürdü. 69 bin 267 Karaçaylı ve 40 bin Malkarlı hayvan vagonlarına doldurularak vatanlarından koparıldı.
Orta Kafkasya bölgesinde yer alan Karaçay-Malkar toprakları; Elbruz (Mingitaw), Dıhtaw ve Koştantaw gibi Avrupa'nın en yüksek zirvelerini barındırır. Bu halk, kendilerine 'Tawlu' (Dağlı) veya 'Alan' der ve ortak bir Türk boyu olarak aynı dil, kültür ve tarihi paylaşır.
Sürgün sürecinin kökenleri, 1917 Bolşevik İhtilali'ne dayanmaktadır. Bolşevikler, halkı asimile etmek amacıyla 1920'lerde Karaçaylıları ve Malkarlıları farklı idari yapılar altına aldı. 1921-1928 arasındaki Yeni Ekonomik Politika (NEP) döneminde kısa süreli bir kültürel ve ekonomik canlanma yaşanmış, Latin alfabesi benimsenmiş ve aydın kesim oluşmaya başlamıştı.
Ancak 1928 sonrası dönemde Sovyet yönetimi, Karaçaylıları 'milliyetçi' ve 'gerici' suçlamalarıyla tasfiye etmeye başladı. Din adamları ve aydınlar tutuklanırken, 1929'da nüfusun yüzde 25'i 'küçük burjuva' ilan edilerek mülklerine el konuldu. Zorunlu kolektifleştirmeye karşı başlayan isyan, Kızıl Ordu'nun tank ve uçak destekli saldırılarıyla karşılandı. Dağlık arazi avantajını kullanan halk, düzenli ordulara karşı direndi.
Stalin'in 1930'da Pravda gazetesinde yayımladığı ve yerli idarecileri suçlayan makalesi ardından halk silah bıraktı. Bunun üzerine kurulan askeri mahkemelerle 3 bin kişi idam edildi, 17 bin kişi Sibirya'ya sürüldü. 1934'teki ikinci ayaklanma kanla bastırıldı, 1936-1938 yıllarında ise kitle tutuklamalarla aydın kesim tamamen ortadan kaldırıldı. 1940'a gelindiğinde halkın yüzde 40'ı ölmüş veya sürgüne gönderilmişti.
1941'de Almanya'nın saldırısı üzerine, Sovyet istihbaratı Karaçay-Malkarlı subayları cepheden çekerek kömür ocaklarına sürdü. Buna tepki gösteren bir Karaçay süvari alayı dağa çıktı. 1942'de Alman ordusu Kafkasya'ya girdiğinde, Karaçaylılar Almanlarla iş birliği yaptı; camiler açıldı ve kolektif çiftlikler kaldırıldı. Alman gazeteci Erich Kern, o dönemdeki dostluğu ve halkın komünizme olan düşmanlığını kaleme aldı.
Alman ordusunun 1942 sonlarında geri çekilmesinin ardından 15 Ocak 1943'te Kızıl Ordu Karaçay'a ağır bombardımanlarla saldırdı. Direnişin kırılmasının ardından Sovyet Yüksek Sovyet Prezidyumu, 12 Ekim 1943'te Karaçaylıların, 8 Mart 1944'te ise Malkarlıların toplu sürgününe karar verdi. Sürgün gecesi köyler kuşatıldı ve halk hayvan vagonlarına dolduruldu.
Sürgün sonrası topraklar yeniden dağıtıldı, yer adları değiştirildi ve halk Orta Asya ile Sibirya'nın ücra köşelerine, özellikle Kazakistan, Kırgızistan ve Özbekistan'a dağıtılarak birbirinden koparıldı. İlk sürgün yıllarında nüfusun yarısı kaybedildi. 1956'da Kruşçev'in Stalin'i eleştirmesiyle 1957'de geri dönüş başladı, ancak nüfus kaybı telafisi güç boyutlardaydı. 1959 sayımına göre Karaçaylı nüfusu 81.400, Malkar nüfusu ise 42.400'e düşmüştü.
Geri dönüşten sonra bile Karaçaylılar siyasi haklarını kazanamadı. Özerklikleri kaldırılıp Çerkeslerle birleştirildiler ve 30 yıl boyunca 'vatan haini' olarak damgalandılar. Kimliklerinde 'Karaçaylı' yazanlar devlet kadrolarına atanamıyordu. Haksızlığın kabulü ve iftiraların düzeltilmesi ancak 14 Kasım 1989'da, sürgünden 46 yıl sonra gerçekleşti. Günümüzde bu topluluklar, tarihsel acılarına rağmen geleneksel kültürlerini ve dillerini yaşatmaya çalışmaktadır.
